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杜邦/DuPont 全自动微生物基因指纹鉴定系统

高准确度、高分辨力的微生物鉴定和分子分型

基于您需求和优越体验的产品设计

RiboPrinter® System 全自动微生物基因指纹鉴定系统以微生物独特的基因组为基础,可自动化同步完成菌株水平的鉴定和分子分型,实现产品、环境、设备、人员等全方位的微生物风险预警和污染溯源。该系统拥有10多项专利技术,基本原理为限制性内切酶长度多态性分析(RFLP)和分子印迹杂交(Southern Blot)分析,可进行但不局限于核糖体分型(Ribotyping)及其拓展应用,更可开展个性化的酶切、电泳和探针杂交研究,满足多种用途的应用需求。

该系统集成了RFLP,凝胶电泳,Southern Blot,标准菌株基因指纹图谱数据库和自动化生物信息学分析五大系统,是全球唯一的全自动、标准化微生物鉴定分型工作站,是进行快速、准确、高分辨力微生物菌株水平鉴定和分子分型的有力工具。

屡获大奖的RiboPrinter® 系统为食品、制药、第三方检测、政府监管技术部门的用户提供了一种快速简便,同时又非常准确和标准化的食品、药品和环境样品的检测手段。


·8小时菌株水平核酸鉴定+分子分型同步完成

·全自动、高度标准化流程,手工操作仅一步

·大容量专家数据库,经权威验证的8528条标准菌株信息

·未知微生物直接上机检测和分析,无需预实验

·支持多种限制性酶切及探针组合应用,可扩展的微生物鉴定分型应用平台及服务

·出众的广谱分析和高分辨分型及溯源能力

·全自动生物信息学分析和数据管理

·交互式联网架构,快速构建监测网络和预警溯源平台

·应用领域广泛

 ·微生物相关学科基础研究

 ·食品、制药、个人护理用品安全

 ·人和动物的疾病预防与控制

 ·公共卫生及微生物风险评估与监测

 

 

产品特点

RiboPrinter® 系统可快速分析微生物的全基因组DNA,8小时内同步完成菌株水平的核酸鉴定和分子分型,具有高准确度、高分辨力、广谱检测、快速简便和标准化的特点,是常规检测、风险评估和管理以及公共卫生突发事件快速反应的首选方法,也是美国药典 USP 推荐之微生物鉴定、分型和溯源技术。

拥有10多项专利技术,集成了DNA酶切、电泳、印迹、分子杂交、成像、标准菌株数据库和自动化生物信息学分析7大模块,是全球唯一的全自动、标准化微生物鉴定和分型工作站。

 


RiboPrinter® 系统的含金量超出常规鉴定或分型设备的范畴:

·高准确度,基于微生物基因型特征检测,比传统法表型方法更可靠

·8小时菌株水平的核酸鉴定+分子分型同步完成

·全自动标准化流程,手工步骤仅一步,无需复杂的分子生物学操作,对人员的资质和培训要求低,可最大程度避免人为干扰和交叉污染风险

·高分辨力,兼具广谱分析和特定目标菌的高分辨分型能力

·原位酶切,高保真还原菌株的全基因组信息

·高通量,8h工作时间可连续检测32个样品

·通用标准化试剂盒实现广谱检测需求,无需预实验即可开展鉴定和分型,同时方便试剂采购和应急储备,避免过期造成浪费

·未知菌株直接上机,无需知晓种属信息即可开展分析

·支持多种限制性酶切及个性化探针应用,满足您的高级应用需求

·大容量数据库含8528条标准菌株信息,全部经国际三大菌种保藏中心ATCC,JCM和DSMZ验证,数据没有盲点和模糊点,并持续更新

·成像模块和分析软件可自动将实际指纹图像数字化,自动进行条带位移测算、分子量测算和浓度测算,优化算法并输出指纹图谱及峰型图,结果信息丰富,满足回顾性和预测性分析所需

·专家级数据库和优化算法确保了鉴定和分型结果的准确性,生物信息学分析功能可自动给出菌株比对、鉴定和相似性结果,并自动聚类分析,根据您的需求分成不同型别,完全避免主观因素,实现高分辨的菌株溯源

·兼容的电子数据,方便存储、分享和恢复,并可与第三方数据分析软件(如BioNumerics)对接,实现不同平台的数据比对和分析

·交互式联网架构,独特的“一对一”,“一对多”和“多对一”数据系统架构,助您快速构建监测网络和预警溯源平台。还可实现设备的远程访问、操作和诊断,即使身处办公室亦可实时分析数据、监控实验状态和进展

 

菌株水平上的微生物鉴定和分子分型

 

RiboPrinter® 系统可对菌株进行全基因组分析,在菌株水平上实现鉴定和分子分型同步完成。其工作主要可分为三大步:全基因组酶切,DNA片段分离和特异探针杂交目标序列,全自动化的数据处理及生物信息学分析。

全基因组酶切

限制性内切酶可对细菌全基因组进行酶切,产生大量DNA片段。由于菌株之间存在同源性和变异性,酶切不同种属或不同株的基因组时,酶切产物中就会存在相同或不同长度的DNA片段,通过特异探针杂交可解读目标DNA片段在分子水平上的差异。

电泳、Southern印迹、探针杂交目标序列和生物信息学分析

全基因组酶切产物经电泳后,长短不一的片段DNA分离,经Southern印迹法转印至膜上。经标记的高特异探针(6.5kb,覆盖核糖体16S, 23S, 5S rRNA及其间隔序列和侧翼序列)识别并与膜上的特异DNA片段杂交。杂交产物经化学发光后,可在膜上产生位移、颜色不一的高分辨条带(指纹图谱),经软件自动分析,根据带型和带数的多态性对细菌进行鉴定和分型。灵活的广谱性和通用性应用,可方便用户采用标准化的酶切方法和探针对多种不同的微生物进行分析和比较,高分辨性能确保系统能产生足够数量条带的指纹图谱,且具备较高的分型力和良好的重复性。强大的数据分析能力使数据搜索、分类、报告和追溯等操作更为简便和灵活,可建立个性化菌株信息库,实现更广泛的应用。

 

 

传统表型方法与16S测序方法在菌株的鉴定方面存在局限性,更无法在菌株水平开展分型分析,这主要是因为这两种方法的微生物分类水平较低,只能鉴定到“属”或“种”的水平,分辨力有限;容易受到培养条件、环境和培养物本身变异和多态性影响,准确度有限;16S 测序方法通常只检测 16S rRNA 基因上高度保守的 500 个碱基或整个片段序列,因此基因信息量有限,对于种间差异小(16S 序列接近)的细菌,鉴定效果受到局限,且依赖PCR扩增技术,因此存在容易污染和非特异性扩增问题,从而降低保真性和重现性。

由于这些局限性,使这两种方法均无法达到“菌株水平”的分辨力,在风险评估、监测和预警上的作用有限。

RiboPrinter® 除了能分析16S序列,还能分析23S,5S及其间隔和侧翼50kb范围内的DNA序列。如果使用个性化探针,还能将分析范围拓展到全基因组水平,能进行高平行性的全基因组分子水平上的指纹分析,使鉴定和分型的分辨率达到“菌株”水平,区分相似菌株的细微差别。通过特异性酶切和探针设计的组合应用,还可实现更高分辨力和满足更广泛应用的需求!

简便,却不简单

 

多种菌株分析应用,尽在一种全自动化方案!RiboPrinter® 系统的操作非常简便,手工操作仅一步,剩下的繁琐步骤均由系统全自动完成。但简便并不意味着功能的减少,相反,RiboPrinter® 系统可为您呈现更多有价值的信息:

 

·菌株种属鉴定和高分辨分子分型,可提供菌株的基本信息,鉴别相似菌株之间的细微差别,适用于流行病学研究,微生物风险评估、监测和污染溯源,特殊菌株的筛选和验证

·高分辨的指纹条带兼具保守性(如属特异条带和16S rDNA保守条带等)和多态性(如核糖体编码基因上下游区域及间隔区内的碱基突变所形成的条带)。研究发现,紧连核糖体基因的上下游区域在进化中多处于中性,这些管家基因(Housekeeping gene)常常是多位点序列分型(MLST)的分析位点,这使RiboPrinter® 系统可用于分离株之间进化遗传相关性特征的分型分析,适用于系统发育、 种群生物学、微生态学、微生物分类学、微生物生理学、遗传学和分子生物学等研究

 

开放应用平台,满足高分辨个性化研究需求

 

RiboPrinter® 系统的标准化酶切和探针杂交方案在速度和分型力等参数之间进行了优化与平衡,在满足高分辨力的同时大幅提升了检测速度,可满足大多数应用需求,有效缩短了等待时间。作为一个开放平台, RiboPrinter® 系统也为用户提供了进一步提升分型力和多元化应用的可能。用户有多种优化的方法提升系统的分型能力,或拓展更广泛的应用。

 

如,用户可选择更特异的限制性酶切方案,选择在16S, 23S或5S序列中有酶切位点的限制性内切酶,这样就可使图谱的条带数翻倍。

 

或,采用混合酶切方案,即同时使用或按顺序使用2种或2种以上的限制性内切酶,达到理想的分型效果。

 

还可,选择管家基因或其他任何您所感兴趣的分子探针。研究表明,在菌株基因组内核糖体操纵子上下游片段中存在非常保守的管家基因,针对这些特异序列设计探针,可大大增加指纹图谱的分型力。用户甚至可针对基因组内其他兼具保守性和多态性的位点设计探针,满足个性化研究的需求!

 

强大而灵活的交互式联网平台

 

 

RiboPrinter® 系统强大的联网应用和数据架构非常适合快速构建网络化应用平台,兼容的电子数据可方便的管理和导入第三方分析软件:

 

·独特的“一对一”,“一对多”和“多对一”数据系统架构,助您快速构建监测网络和应用平台

·无需样品转移,所有检测均可在就近的网络实验室进行,标准化的数据可通过自动或手动的方式传输到中心服务器

·中心服务器负责所有信息的处理及保存,也可完成远程终端的数据处理要求

·来自各个网络实验室的数据可在中心服务器进行汇总比对,进一步优化算法,形成更大的、更可靠的菌株信息库

·标准化的数据可方便地共享、管理或对接第三方分析软件(如BioNumerics)

支持多账户创建和密码保护,支持设备的远程访问、操作和诊断,即使身处办公室亦可实时分析、监控状态和进展

 

高性能系统,灵活应用多面手

食品、制药、个人护理用品生产质控和质保

·RiboPrinter® 系统可快速、准确、高分辨地鉴定和分型产品或环境中的分离到的微生物并追溯源头,帮助管控微生物污染风险,完全满足法规要求,提升品牌价值

·高通量,流程时间优化,全自动操作和数据分析等特点可缩短产品放行时间,减少库存,并降低对实验员资质和培训的依赖

·高准确度和分辨力有助于风险监测,建立评估、干预等措施

 

疾病网络化监测与风险评估

·RiboPrinter® 系统可高准确、高分辨地分析各种食品和环境样品中分离的已知或未知致病菌,明确其相关性,标准化和个性化的试剂盒及流程可满足网络化监测和风险评估的需求

·快速、高通量、标准化和全自动的流程可有效提升实验员的工作效率,并减少人间差异和交叉污染对监测和评估的影响

·通过世界权威机构的验证,更有公信力的菌株数据信息

 

食物中毒调查及疾病预防和控制

·RiboPrinter® 系统可在最短时间内大规模筛查可疑样品,明确污染源和传染关系,并阻断其传播途径

·高准确、高分辨和广谱性能有助于分析并确认可疑菌株,尤其对于表型法难检或未知菌株有较好的鉴定和分型能力

·通过权威验证的数据,尤其适用于暴发时的应急检测和快速反应,可靠性有保障

 

院内感染调查和干预

·RiboPrinter® 系统可快速、准确、高分辨地病人和医院环境样品中的危险致病菌及其相关性,找出导致院内感染的关键环节,建立实时监控和高效干预体系

·广谱分析能力有助于在复杂的微生物环境中发现潜在或未知危险,从而从源头降低院内感染风险

·全自动分析和高效流程可减少实验员的负担及对其资质的要求

 

功能菌株筛选,研发及微生物相关学科基础研究

·RiboPrinter® 系统先进的检测原理和方法学优化能广泛地满足各个领域微生物研究的需求,更能为个性化研究提供平台和解决方案显著提升研究效率

·全自动流程和分析,无需核酸提取和纯化,能有效避免主观因素,减少人为干扰和交叉污染风险,获得高稳定性和重现性结果

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